RSS Feed

Viață din bucăți

vezi toate articolele de
27 May 2010 la 05:44 13 comentarii 671 vizualizari.

Vilva mare in ultima saptamina, de cind revista Science a anuntat ca Craig Venter a creat prima forma sintetica de viata.

Si cum nu iese vilva fara exagerari, s-a exagerat pe masura. Pe de o parte s-au exagerat pericolele pe care o astfel de tehnica le ridica. Pe de alta, s-a exagerat importanta acestui rezultat. La exagerari s-au adaugat uneori unele inexactitati tehnice – ca sa folosim un eufemism elegant. Si toate acestea au fost prezentate intr-un numar cit mai mic de semne tipografice.

Stirea e suficient de interesanta stiintific, de revolutionara tehnic si promtiatoare economic incit sa merite citeva precizari.  Mai inghesui asadar si eu la ceea ce s-a scris 10 observatii: unele importante, altele doar amuzante si altele personale.

1. Vestea plutea in aer de ceva vreme: se lucra la acest proiect de peste 15 ani, iar in cursul timpului au aparut articole care prezentau rezultate intermediare. In plus, Venter nu a facut niciodata un secret din acest studiu. Chiar din contra, l-a prezentat cu emfaza, amanunte si – ar zice unii – cu aroganta, in desele si efervescentele sale iesiri publice.

2. Acum aproximativ doi ani, spre exemplu,  a aparut un studiu extrem de important tot in Science (o revista careia Venter ii este credincios de cind a publicat, acum zece ani, varianta ‘sa’ a secventei genomului uman.

Articolul respectiv (Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome. Gibson et al. 2008.) raporta primul genom creat artificial. Acesta a fost intiiul si esentialul pas! S-a folosit bacteria cu cel mai mic genom cunoscut: are doar 485 de gene (comparativ, omul are putin peste 22ooo, iar orezul peste 50ooo). Dintre acestea probabil ca aproxiamtiv 100 nu sunt esentiale pentru supravietuire.

3. Pana acum singurele genomuri care au putut fi sintetizate artificial au fost cele de virusi, dat fiind ca sunt mult mai mici ca dimensiune. S-a inceput acum vreo zece ani cu crearea sintetica a virusului poliomelitei pornind de la secventa cunoscuta si reactanti care pot fi cumparati de pe piata.

Problema principala este ca ADN-ul este instabil atunci cind se incearca sintetizarea sa in segmente lungi. Cel mai mare genom confenctionat pana acum a fost de 32 kbp. M.genitalium are ~580 kbp., iar ADN-ul la dimensiunile acestea devine extrem de fragil. Pentru a reusi este nevoie ca sinteza sa fie facuta pe bucati.

4. Strategia a fost urmatoarea: casete de  la 5-7 kb cu portiuni comune au fost sintetizate individual – adica s-a adugat consecutiv cite una, pina la o dimensiune la care lantul este inca stabil. Au fost apoi unite una cate una, succesiv, in grupuri totalizand 24, 72,144, 290, 580 kbp. Primii pasi au fost facuti in bacteria E. coli – un instrument extrem de utilizat in laborator pentru manevrarea materialulul genetic. Aceasta bacterie are enzime care uneste lanturi de ADN. Pentru ultimul pas, adica legatura a fost facuta in interiorul unei celule de drojdie care a unit ultimele bucati de genom intr-un unic lant de nucleotide.

5. Aveam asadar deja, la acea data, un cromozom artificial. Urmatorul pas logic era introducerea intr-o celula. Daca privim, genomul ca un simplu program de calculator care reprezinta informatia care produce proteinele necesare vietii intr-o celula, trebuia deci ca programul sa fie ‘instalat’ pe o masina si verificat daca functioneaza. Trebuie facuta legatura intre aceasta informatie (codata chimic) si materia prima biologica propriu zisa.

6. In studiul recent despre care vorbim (Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome, Gibson et al. Science, 2010) s-a folosit genomul bacteriei Mycoplasma mycoides (M. genitales crestea prea incet) si a fost implantat intr-o specie extrem de apropiata: Mycoplasma capricolum). Noua constructie creste si se inmulteste – este vie. In genomul sintetizat au fost dezafectatea 14 gene si au introdusa o secventa – analogul unui cod de bare – care sa certifice, odata genomul analizat, ca respectivul organism este creeat in laborator.

7. Codul acesta are si o parte nostima: contine patru indicii asupra originii sale umane. Spre exemplu, descrie un cod pentru a scrie cuvinte, propozitii si numere. Contine  numele celor 46 de autori. Este scrisa chiar si o adresa la care cei care vor putea sa secventioneze intreg genomul sa poata trimite un mesaj. In plus, extrem de intersant sint prezente si trei citate celebre. Unul dintre acestea, datorat lui Richard Feyman spune: “nu pot sa inteleg ceva nu pot construi”.

8. Sa turnam insa putina apa rece peste acest rezultat. Daca continuam analogia celula – computer, DNA- program, putem sa spunem mai curind ca s-a folosit tehnica unui hacker. Venter nu a ‘creat’, ci doar a rescris un program cu mici schimbari intr-o zona in care a fost posibil.

De altfel, el a fost foarte clar intotdeauna asupra acestui aspect. In plus, recunoaste acelasi Venter, chiar cu schimbarile operate, nu este o vorba de noua specie, mai cuarind o noua tulpina a bacteriei a carui genom a fost folosit.

9. Evident marele premiu va fi modificarea unor parti ale genomului prin introducerea sau modificarea unor gene pentru a impinge metabolismul bacteriei intr-o anumita directie. Scopul final este construirea unor organisme artificiale. Sau mai precis modificarea unor organisme existente in asa fel incat sa poata fi folosite in alt scop.

Ar fi posibila construirea de bacterii artificiale capabile sa produca combustibili. O alta directie ar fi sintetizarea unor substante necesare industriei farmaceutice, substante care sunt prea scumpe in prezent, fie pentru ca extragerea lor pe cale naturala este foarte dificila, fie pentru ca sintetizarea lor pe cale artificiala este foarte costisitoare. S-ar putea produce rapid, precis si ieftin vaccinuri doar prin culturi de bacterii. Evident, Venter are deja contracte cu diferite companii pentru finalizarea acestor proiecte.

10. Probabil ca cele mai multe intrebari ridicate s-au referit la siguranta unei astfel de intreprinderi. Cum putem sti ca o astfel de forma de viata, odata iesita din laborator, nu va suferi mutatii care sa o transforme intr-un pericol public? Primul raspuns este simplu: toate aceste organisme sint construite in asa fel incit supravietuirea lor este conditionata de o substanta prezenta doar in laborator. In momentul cind ele ar parasi eprubetele in care au fost create, si-ar semna condamnarea la moarte.

Dar mai mult decit atit, orice modificare a unui organism are de obicei un efect negativ. Atunci cind sint schimbate secvente asupra carora evolutia a insistat milioane de ani, rezultatul nu poate fi pozitiv. In multe cazuri chiar, ceea ce se observa dupa o perioada de timp, este inregistrarea unor mutatii care aduc organismul la forma initiala. Exista un optim, spre care orice specie tinde. Astfel de constructii biologice, supravietuiesc doar intr-un mediu, atent, migalos si precis alcatuit in laborator.

Chiar si asa, riscurile nu pot fi cu totul inlaturate. Insa avantajele potentiale ale unei astfel de tehnologii compenseaza cu asupra de masura ipoteticele pericole. Nu putem renunta sa comercializam benzina pe motivul poate fi folosita  in cocktailuri Molotov! Drumul deschis de astfel de experimente promite solutii pentru multe din marile probleme cu care omenirea se lupta in prezent. Fara a ignora posibilele amenintari, trebuie sa realizam ca ar putea fi reteta de a salva viata a sute de milioane de oameni si a imbunatati situatia a miliarde de oameni.

Progresul are un pret pe care il platim bucurosi de citeva secole. E adevarat insa ca, in fiecare care caz in parte, acest pret trebuie inteles in prealabil.

Post to Twitter Post to Delicious Post to Facebook Post to StumbleUpon

 


13 comments
  • 1

    ADN – viata sintetica
    muzica afro și
    probleme de functionare la Facebook

    Acestea sunt subiectele celor mai recente trei articole
    aparute pe Vox Publica

    Ele raspund limpede si indraznet
    framantarilor Romaniei din aceste zile.

    Banii n-au miros !

    M I H A I 2
    2010-05-27 06:33:03 | Raporteaza
    RăspundeRăspunde
  • 2

    …IN SCHIMB ALTI ȘOBOLANI TAC

    Ultimul comentariu pe blogul lui TRAIAN UNGUREANU
    dateaza din ZIUA BLESTEMTA : 6 mai 2010

    Nu este totusi dedicata Magistralei Expuneri
    prin care Traian Basescu a anuntat intrarea Romaniei in moarte clinica.

    In ultima sa ”aparitie” TRU se mascase in ITM ….
    …adica ne recomanda ”vinul zilei” Cianuloaica Roșie de Munte.
    *
    Greu moment.
    Daca ar avea macar un nuron activ Ungureanu
    ar realiza ca tacerea șui nu este un detergeny suficient
    pentru a spala inscriptia MEGASLUGA A LUI BASESCU care
    v-a ramane in veci lipita de finta-i.
    *
    Desi cuvantul DEMNITATE ii este strain…probabil ca
    ar putea parea mai demn dac si-ar apara
    idolul genocidian pana la capat.
    Eventual daca i-ar pupa mana la scara helicopterului.
    *
    Dar Traian Ungureanu TACE SIMPTOMATIC.
    *
    Se poate insa si mai rau.
    As fi uitat probabil ca Irina Schroter a lansat-o in viata publica
    pe manechina peltica EBA.
    Iata insa ca Irina , care nu avea nici o obligatie (sau avea ?)
    a coborat in arena sa-l apere pe Basescu.
    Si ca sa nu ne lase nici o urma de indoiala asupra
    lipsei simtului sau de conservare
    si-a dat gratios foc la valiza indemnandu-ne
    pe noi cei carora ne fileaza necontenit o lampa
    de la tragedia din decebrie 2009:
    OBISNUITI-VA CU IDEEA CA BASESCU A CASTIGAT ALEGERILE
    SI VA CONDUCE 5 ANI !
    Eu cred ca va fi o mare bucurie printre doamnele detinute
    de la Penitenciarul Targsor cand vor ajunge sa poarte
    ZWGHE OTCUTUR croite de colega lor de suferinta.
    *
    Mai isteata: MACOVEI SURFISTA s-a gandit la o polita de asigurare
    fara sa-l atinga totusi direct pe leul ranit.
    Declaratia ei ca PDL ul fura si ca BOC STIE SI INGADUIE
    este o buna baza
    pentru a spune – DAR NUMAI CAND JOCURILE VOR FI FOST FACUTE –
    ca SI BASESCU STIE SI INGADUIE.

    M I H A I 2
    2010-05-27 07:01:13 | Raporteaza
    RăspundeRăspunde
  • 3

    mihai2 : nu fi rau! :) criza o sa tot fie si coruptie la fel.
    mihnea: absolut extradordinar cum prezinti aici. multa munca sa intelegi ce se intampla, numai tu stii, multa munca sa rezumi sa intelegem, si fara sa scrii o carte intreaga. iaca te-am pupat si-n kur :) pentru ca mi se pare ca in cazul asta merita.

  • 4

    idei care mi se par misto in maintext, asa ca la shkoala :) :
    1 acum zece ani : crearea sintetica a virusului poliomelitei
    2 bacteria E coli are enzime care uneste lanturi de ADN.
    3 ADN-ul este instabil atunci cind se incearca sintetizarea sa in segmente lungi

    4nu este o vorba de noua specie, mai curind o noua tulpina a bacteriei a carui genom a fost folosit
    5 toate aceste organisme sint construite in asa fel incit supravietuirea lor este conditionata de o substanta prezenta doar in laborator
    6 de urmarit: modificarea unor gene pentru a impinge metabolismul bacteriei intr-o anumita directie

  • 5

    @ Mihnea – felicitari! E mare nevoie de asa ceva pe Vox.

  • 6

    @M I H A I 2: Te invit să-ți tai venele. Pentru a nu părăsi ideea de postare pe teme științifice, am să-ți spun că secționarea lor transversală este practicată doar de către amatori sau falși sinucigași. Deci, taie-le longitudinal ca să fim siguri de succes.

    PS. Unde naiba a dispărut AdCaptca?! :)

    marius v
    2010-05-27 10:51:55 | Raporteaza
    RăspundeRăspunde
  • 7

    Am sa-mi permit sa completez/explic eu ceea ce Mihnea a considerat a fi o noțiune cunoscuta de toată lumea: kpb
    - O pentoza (moleculă ciclică cu 5 atomi de carbon) + o bază azotată = nucleosidă.
    - Pentoza fosforilată (un atom de fosfor prin care se face legatura cu următoarea pentoză din șir) + o bază azotată = nucleotidă.
    - Nucleotidele dintr-un șir sunt legate complementar, în pereche, de nucleotidele celuilalt șir prin punți de hidrogen, formând dublul helix. ADN este un polimer.
    Putem spune că el este o succesiune de perechi de nucleotide.
    - KBP = kilo-base pair. Așadar, Mycoplasma genitalium are 580000 de perechi de nucleotide.

    marius v
    2010-05-27 11:48:24 | Raporteaza
    RăspundeRăspunde
  • 8

    Ioi, ioi, ioi! Vine sfarsitul lumii! Va substituiti Creatorului! Pentru a evita blasfemia, trimiteti cate 100 de euro in contul meu, sa lupt impotriva lor!!! Acum serios, ce mare scofala prezinta Nature? Ce naiba de viata artificiala? Si eu pot face un calculator functional, cu piesele de la un calculator functional dezmembrat! Este simpla inginerie genetica, cu material preformat, ceea ce face Venter! Recunosc, e revolutionara metoda de “lipire” a secventelor nucleotidice, dar tot nu rezolva problema instabilitatii moleculelor ADN mari!

  • 9

    @Bref: Recunosc ca nici pe mine nu m-a dat pe spate chestia asta, dar este ceva mai complicată decât asamblarea unui computer din piesele componente. Ar fi similar doar dacă ai recompune procesorul, placa de bază, placa video… din microcomponente.
    Tocmai zisei că ADN nu este o moleculă ci un polimer.
    Tu de ce crezi că s-a orientat Venter spre cel mai simplu genom cunoscut? Și pe ăsta a fost nevoit să-l construiască din module. Mai este mult până departe. Cromozomii sunt structuri cu mult mai complexe decât ADN-ul pe care-l conțin, iar în stare naturală ADN este foarte stabil; se poate preleva și după zeci sau sute de ani, dacă n-a trecut prin foc și sabie :)

    P.S. Vai ce bine-i fără captcha!

    marius v
    2010-05-27 14:24:12 | Raporteaza
    RăspundeRăspunde
  • 10

    @marius v:
    merci de precizari. oricum textul era mult prea lung si n-am vrut sa extra-exagerez.

    Venter a cautat mult bacteria cu cel mai mic genom.
    Ideea era sa fie gasita forma de viata cu genom minim, pentru ca mai apoi sa poata fi adaugate alte pathwayuri.

    In plus, era si o intrbare interesanta: care e numarul de gene minim necesar vietii?

  • 11

    Pe de altă parte, din moment ce definirea vieții ține mai mult de filosofie decât de biologie (de dezvoltare – metabolism – reproducere ar fi în stare și entitățile cibernetice, la o adică), cred că adevăratul challenge ar fi înțelegerea modului în care interacționează genele și predictibilitatea expresiei unei gene, mai ales în funcție de locusul în care este plasată.

    marius v
    2010-05-27 16:58:16 | Raporteaza
    RăspundeRăspunde
  • 12

    Felicitari pentru articol! E nevoie ca de aer de astfel de scrieri in Romania.

  • 13

    Fain articol, multumesc. Ce inseamna kbp?

    davidv
    2010-05-28 17:03:57 | Raporteaza
    RăspundeRăspunde

Comentează


Pont: poti sa adaugi la comentariu fotografia ta sau o imagine care te reprezinta.
Nu trebuie decat sa introduci o adresa de e-mail valida aici si sa urmezi cativa pasi simpli.
Un film explicativ e disponibil aici


ATENTIE: Comentariul dumneavoastra poate aparea cu intarziere din cauza sistemului de cache.

RSS Postari pagina personala
Cercetător la Catedra de Chimie Biologică şi Farmacologie Moleculară a Şcolii Medicale Harvard. A obţinut licenţa în geofizică, în 1993, şi cea în matematică, doi ani mai tîrziu, ambele în cadrul Universităţii Bucureşti. A lucrat la un institut de matematică al Academiei Române, apoi la altul de ecologie marina.
» citeste biografia

Cele mai comentate

Nu exista posturi pentru interogarea facuta!

Nu exista posturi pentru interogarea facuta!

Cele mai vizualizate

Nu exista posturi pentru interogarea facuta!

Nu exista posturi pentru interogarea facuta!


Ce fac prietenii tăi pe Voxpublica

Ultimele comentarii

alex mazilu Andrei Plesu antonescu aur Becali blaga blog Blogviu interviu Boc Bucuresti calatorie candidatura catalin voicu cercetare cianura cluj concert crin criza CTP Curtea Constitutionala demisie Dinu Patriciu EBA economie Elena Basescu experiment Facebook FMI fotbal humanitas Iliescu instantanee intelectuali internet Istodor Johannis kelemen hunor Liiceanu manipulare Media Mihai Goţiu motiune Năstase obama o fraza o poza ortodoxie parlament Parlamentul European pd-l PE Plesu Polirom presedintie protest radu duda Realitatea TV reforma riscograma romani romania rosia Roşia Montana salarii securitate Senat sindicate sondaj sorin oprescu steaua SUA Tariceanu tiff TRU TV UBB uichendist.ro Vanghelie Vasile Blaga

© 2009 VoxPublica.ro, o marca F5 Realitatea-Catavencu. Toate drepturile rezervate.

Strategy & Technology: PUBLYO
Marketing & Sales: Q2M
Comandati acum o campanie publicitara pe acest site!